杭州南站共有两个公交换乘中心，为旅客出行提供公交换乘服务。分别为杭州南站西广场公交区和杭州南站东换乘站公交区。

杭州南站西广场公交区有5条始发杭州南站的公交，车次分别为707、748、181、8701（火车南站西广场环线通宵线）、8300（火车南站至城站火车站的夜间通宵线）和1条免费接驳摆渡车，可免费换乘至杭州南站东换乘站。 具体线路如下：

8300路线路具体内容为：火车南站至城站火车站。经站前路、通惠路、萧绍路、市心路、金城路、滨康路、江陵路、江南大道、秋石高架、秋涛路、解放东路、新城隧道、解放路、建国中路、清泰街、清泰街辅路、环城东路至城站火车站。

停靠站点：火车南站西、萧山区总工会、通惠路萧绍路口、萧山汽车总站、市心广场、汇德隆银隆百货、人民广场、天汇园、加州阳光、绿洲嘉园、荣星社区、滨康路东、江陵路滨和路口、江陵路启智街口、江陵路月明路口、江南大道江陵路口、西兴大桥南、观音塘小区、新城隧道东口、章家桥20对停靠站点。

首末班时间为：火车南站西广场：22:00-4:30；城站火车站：23:00-5:30。票价每人次3元，各类IC卡及移动支付通用。

杭州南站东换乘站公交区为主要公交换乘地，由火车南站东换乘站始发的11条公交车次，分别为123、300、328、711、711B、720、726、747、731、736和743。其中123路和300路为站内公交循环，可由杭州南站直接到达杭州高铁枢纽站（杭州东站）和杭州铁路枢纽站（城站火车站）。具体线路如下：

此外，自2020年8月5日起，萧山公交对杭州南站涉及萧山东片的线路服务时间进行延长。具体调整如下：

1、731路，火车南站东换乘站至益农公交站。火车南站东换乘站服务时间5:50-18:30，延长为5:50-20:00，其余不变；

2、736路，火车南站东换乘站至益农公交站。火车南站东换乘站服务时间5:20-18:30，延长为5:20-20:00，其余不变；

3、748路，火车南站西广场至党山公交站。火车南站西广场服务时间6:00-18:20，延长为6:00-20:00，其余不变。